Nel 1511 Pietro di Cristoforo Vannucci, comunemente conosciuto come "Il Perugino" decise di approdare con la sua bottega lontano dalla città, nel piccolo paese di Fontignano. I motivi di questa scelta non sono noti ma è possibile che siccome la peste era ampiamente diffusa al tempo fosse preferibile rifugiarsi in un centro abbastanza piccolo piuttosto che vivere in una tipica città medievale come Perugia in cui le strade erano strette e malsane e la maggior parte delle abitazioni era caratterizzata da cortili molto stretti (se presenti) e alte mura che impedivano la ventilazione; le condizioni igieniche precarie che caratterizzavano città di questo tipo permettevano alla peste di diffondersi rapidamente.

Nonostante l’allontanamento dalla città nel Febbraio 1523 il Perugino venne colto dalla peste proprio mentre stava affrescando l’Adorazione dei pastori nella chiesa dell’Annunziata e morì a Fontignano.

Inizialmente a causa del pericolo del contagio fu sepolto fuori dal paese sotto una grande quercia e circa 50 anni dopo la morte i frati minori della Chiesa di Santo Spirito di Perugia (o i confratelli dell’Annunziata) lo riesumarono e ne seppellirono i resti all’esterno di questa chiesa senza croce né lapide; il motivo di questa scelta probabilmente va ricercato in quel che dice il Vasari:

La mancanza di lapide e croce fecero sì che nel corso degli anni, nonostante il racconto fosse stato tramandato di generazione in generazione, il luogo preciso della sepoltura andò dimenticato e addirittura non si sapeva più quanto ci fosse di vero e quanto di inventato in quello che si raccontava.

Sulla base di questa leggenda nei primi anni del ‘900 furono fatte delle ricerche che portarono alla scoperta delle ossa del pittore su cui furono fatti alcuni esami per dimostrarne l’autenticità: esame antropometrico per stabilirne l’età biologica (forse l’esame più importante in quanto il pittore visse probabilmente 78 anni, età molto avanzata per l’epoca) e controlli sulle dimensioni del corpo. Gli esami dettero importanti conferme e, anche se la certezza matematica che le ossa ritrovate siano effettivamente del pittore non c’è, i risultati degli esami uniti alla singolarità del luogo del ritrovamento di queste ossa (c’erano solo queste, non era un cimitero) e la coincidenza del luogo del ritrovamento con la tradizione sembrano lasciare un margine di errore ridotto. 

L’urna in cui si trova attualmente il divin pittore fu allestita nel 1939/1940. 

Nella Chiesa dell'Annunziata Pietro Vannucci affrescò 5 opere: la Madonna col Bambino sulla parete detta della Chiesa, l’Adorazione dei pastori, un S.Rocco e un S.Sebastiano (furono affrescati probabilmente ai lati dell’arco sotto l’adorazione dei pastori, staccati e venduti al Conte della Porta di Gubbio intorno alla metà dell’800 e attualmente dispersi) e un’altra Madonna col bambino sulla parete destra (venduto ad Angelo Morettini di Perugia nel 1862 e attualmente disperso).