L’incendio che nel XVIII secolo ha distrutto l’archivio parrocchiale e la Chiesa principale di Fontignano impediscono di avere notizie precise relativamente all’Edificio.

Ne dà comunque parziale conto Alessandro Bellucci nel 1902 in una sua puntuale relazione a valle del ritrovamento delle ossa del Perugino.: “ La chiesetta dell’Annunziata pare che nel 1524 non fosse se non l’oratorio di una confraternita detta dell’Annunziata. Essendovi la chiesa parrocchiale, questa sua qualità le deve essere durata a lungo …. Fu poi allungata di circa quattro metri nella sua parte anteriore , cioè fu portata di circa quattro metri più avanti ,,,, [L’] incendio alla fine del secolo XVIII, oltre la distruzione della casa parrocchiale e dell’archivio, dove’ danneggiare anche la Chiesa , perché da quell’epoca la Chiesa dell’Annunziata fu, in sostituzione dell’altra, officiata come Chiesa Parrocchiale”.

La Chiesa ebbe poi ulteriori rimaneggiamenti: un’ulteriore allungamento proprio per la sua nuova funzione di Chiesa Parrocchiale, la costruzione di una attigua piccola sacrestia e infine, negli anni ’30 del ‘900 un riaccorciamento, forse per le esigenze di viabilità della strada Fontignano- Mugnano. Nel 1940, le ossa del Perugino, dopo una attenta analisi scientifica che ne ha decretato l’autenticità e l’appartenenza al Divin Pittore, furono definitivamente inumate nel luogo dove tuttora è visibile il monumento funebre e la lapide commemorativa.

Nella Chiesa dell'Annunziata Pietro Vannucci affrescò 5 opere: la Madonna col Bambino sulla parete destra della Chiesa, l' Adorazione dei pastori sul timpano un S.Rocco e un S.Sebastiano , ai lati dell'arco prospiciente l’abside e sotto l'Adorazione dei pastori.

Anche questi due affreschi furono staccati e venduti al Conte della Porta di Gubbio intorno alla metà dell'800. Risultano attualmente dispersi.

Anche un altra Madonna col bambino parrebbe essere stata realizzata dal Vannucci, sempre all’interno dell’oratorio, ma anche di questa se ne sono perse le tracce.